De nos jours, la France compte neuf races de chevaux de trait : toutes font actuellement partie des races menacées. Pourtant, il existe des disparités entre ces races de trait : ainsi, la race comtoise est une race relativement développée tandis que la race auxoise fait partie des races de trait aux plus petits effectifs. Si les conditions d’élevage se sont bien améliorées depuis les siècles passés, les éleveurs accordant un grand soin au logement, à l’alimentation et à la reproduction de leurs animaux, se pose toutefois le problème des débouchés de ces chevaux. En effet, ces animaux, aux effectifs encore élevés dans les siècles précédents, sont aujourd’hui en nombre plutôt restreint, en partie à cause d’un manque de débouchés. Il convient donc, dans le cadre de la lutte pour la préservation des espèces menacées, de développer tous les usages possibles de ces chevaux. Les principales utilisations restent actuellement la boucherie, l’élevage pour la reproduction et l’attelage. D’ailleurs, une voie prometteuse pourrait consister en l’utilisation du cheval territorial : ainsi, les chevaux comtois et auxois, ainsi que tous les chevaux de trait plus généralement, pourraient servir à divers travaux pour le bien des communautés. Cette utilisation pourrait nécessiter de plus amples études afin de mieux cibler le potentiel marché. Quoiqu’il en soit, la filière équine en général, et de trait en particulier, reste actuellement en difficulté et tous les efforts déjà réalisés devraient être maintenus afin que les chevaux comtois et auxois ne disparaissent pas des paysages français.