Les éleveurs ovins laitiers sont de plus en plus préoccupés par les diarrhées néonatales des agneaux, qui occasionnent des pertes économiques importantes. L’objectif principal de cette étude était de mieux décrire les circonstances d’apparition des diarrhées ainsi que certains facteurs de risque liés aux agneaux et aux brebis, au microbisme, au logement et à la conduite d’élevage dans 20 élevages des Pyrénées Atlantiques suivis pendant un mois lors des agnelages du premier lot de reproduction. Dans la majorité des élevages suivis, les diarrhées sont apparues dès la première semaine d’agnelages avec une morbidité n’excédant pas 25% et une mortalité toujours inférieure à 8%. Cryptosporidium parvum a été fréquemment retrouvé mais dans la majorité des prélèvements effectués, aucun agent pathogène n’a été identifié. Les résultats indiquent par ailleurs que les défauts de transfert d’immunité passive sont fréquents et que le statut parasitaire défavorable des brebis, leur état corporel insuffisant à l’agnelage, et la composition du lait dans la phase d’allaitement pourraient être impliqués dans les troubles de santé. L’ensemble de ces résultats, obtenus sur un faible effectif d’élevages, mérite d’être confirmé sur un échantillon plus large.