L'étude du microbiote intestinal a connu un regain d'intérêt depuis ces 20 dernières années grâce à l’avènement des techniques de séquençage à haut débit. Considéré par certains chercheurs comme un organe à part entière, il est impliqué dans la physiologie de l’hôte et dans la pathophysiologie de nombreuses affections, tant chez l’Homme que chez l’animal. Ce travail présente une synthèse des publications parues sur le microbiote intestinal, en médecine humaine et vétérinaire, et soulève aussi les questions émergentes ainsi que les pistes d’avenir le concernant. Bien que des changements de la composition du microbiote intestinal aient été mis en évidence dans de nombreuses affections pathologiques, nous ignorons encore s’ils en sont la cause ou la conséquence. Cependant, plusieurs travaux ayant mis en lumière les bénéfices cliniques observés lors de la modulation thérapeutique du microbiote intestinal, de nouvelles perspectives préventives, diagnostiques et thérapeutiques commencent à voir le jour. Parmi elles, la transplantation fécale apparaît comme une solution thérapeutique prometteuse. A l'heure actuelle, de nouvelles études concernant le rôle du microbiote dans la genèse de certaines affections pathologiques sont en cours pour enfin bénéficier pleinement de son potentiel thérapeutique.