Cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet IRMA. Elle présente une étude in vivo des relations entre l'évolution de l'état d'engraissement des brebis laitières, la population bactérienne ruminale et le métabolisme ruminal des acides gras sur la période du péri-partum. C'est une phase peu étudiée chez les ovins et une période de transition particulière pour la brebis et son microbiote ruminal, se caractérisant par un déficit énergétique. Les données recueillies s'appuient sur le troupeau de race Lacaune de la station expérimentale de Lafage, dans le bassin de Roquefort. Le microbiote ruminal, les NEC et les prélèvements sanguins ont été étudiés pendant le mois d'allaitement-traite, sur 4 dates successives. Les résultats des analyses menées ont révélé que le statut énergétique des brebis laitières n'est que faiblement influencé par le microbiote ruminal. Néanmoins, certains taxons bactériens ont été identifiés et associés à un niveau de lipomobilisation, ouvrant la voie à de nouvelles investigations.[-]

Comprehensive resource providing holistic coverage of the effect of body microbiomes on the health status of dogs and cats.
Small Animal Microbiomes and Nutrition offers new perspective on the prevention and treatment of common health conditions in dogs and cats that arise from or result in dysbiosis of the body's microbiomes, along with providing alternative first-line solutions of utilizing nutrients—less invasive procedures in comparison to prescription drugs to treat dysbiosis in the body's microbiomes. This practical manual guides the reader through body systems that are commonly influenced by the microbiota in the microbiomes as well as accompanying dietary recommendations.
Initially, an overview of the body's microbiome including common terminology and functions of microbiomes precede the chapters on development of the body's microbiomes and factors influencing their diversity and density. The following three sections provide readers with a different perspective of commonly observed health conditions by focusing on the state of the microbiome and how the condition may be prevented and/or treated with the use of nutrients.
Written by a highly qualified author with significant experience in the field, Small Animal Microbiomes and Nutrition includes information on sample topics such as:
Results of research on alternative diets and emerging ingredients' effect on the microbiomes and how to have the discussions with pet parents
Nutrition focused calculations, feeding directions, and templates for history, and recommendation for follow-up conversations with pet parents
Factors affecting the diversity and density of the microbiomes, such as genetics, age, sex, environment, stress, antibiotic therapy, and nutrition
Integumentary microbiomes, covering the skin's microbiome, dysfunctional barrier syndrome, atopy (atopic dermatitis), and key nutritional factors
Small Animal Microbiomes and Nutrition is an essential resource for students completing companion animal health courses in two- and four-year programs, particularly those in veterinary technology, veterinary technician, and animal health technology diplomas and degrees, and it is also highly useful for students in other veterinary and animal science focused programs. Additionally, this book is essential in veterinary practices as a reference guide to support the transition into the utilization of microbiome medicine.[-]

Dans un contexte de prise de conscience écologique, consommer moins tout en consommant mieux est devenu un enjeu central pour les consommateurs, qui recherchent davantage la qualité nutritionnelle et environnementale des produits. L'alimentation des ovins et la qualité des viandes qui en découle entre dans cet objectif. Cette étude s'intéresse aux acides gras longs du rumen d'ovins allaitants mâles de race Romane, soumis alternativement à deux régimes, le premier entièrement à base de concentrés, le second constitué d'environ deux tiers de fourrages et d'un tiers de concentrés. Le profil en acides gras du rumen dépend de plusieurs paramètres et notamment des sources de matières grasses de l'aliment et du microbiote bactérien qui l'occupe. Pour l'étudier, des prélèvements de contenus ruminaux ont été réalisés en fin de chaque phase d'alimentation. Les acides gras ont été analysés par chromatographie en phase gazeuse et le microbiote bactérien a été séquencé via le gène codant l'ARN 16S. En fin de chaque phase, les gains moyens quotidiens, épaisseurs de gras dorsal et épaisseurs de muscle ont été mesurés pour chaque animal. Nous avons montré des différences majeures de communautés bactériennes et classes d'acides gras ruminaux entre les deux régimes. Un régime riche en fourrages favorise la saturation des acides gras alimentaires tandis qu'un régime riche en concentrés favorise l'apparition d'intermédiaires, et notamment trans, plus ou moins recherchés dans la viande. Un acide gras trans majeur est le C18:1trans10, dont l'effet en terme de santé est délétère. L'implication de Prevotella_7 dans sa formation a été mise en évidence. Le genre Prevotella_1 a quant à lui été corrélé à la formation de C18:1trans11. Certaines relations avec les paramètres zootechniques ont également été démontrées.[-]

With nearly 100 different autoimmune diseases reported to occur in domestic animal species, this evidence-based clinical reference is a must-have for every veterinary practice! Autoimmune Diseases in Domestic Animals, from noted veterinary author Ian R. Tizard, sheds light on both common and rare conditions, including skin diseases, diabetes mellitus, thyroiditis, and hemolytic anemia. Convenient and portable, this single-source review addresses autoimmune diseases in dogs, cats, horses, and livestock species with comprehensive coverage of treatment protocols, diagnostic procedures, and the latest pathogenesis studies.[-]

La cryptosporidiose est une maladie zoonotique à l'origine de diarrhées chez l'Homme et chez l'animal notamment les jeunes ruminants non sevrés en élevage. Elle est causée par des protozoaires à apicomplexe intracellulaires mais extracytoplasmiques dépendants de la cellule parasitée pour leur métabolisme, isolés des voies de délivrance de molécules actives et de la réponse immunitaire de l'hôte, et hautement résistants dans l'environnement. Il n'existe pas actuellement de traitements complètement efficaces disponibles en médecine humaine et en médecine vétérinaire. En étant impliquée dans la prévention et le traitement des diarrhées néonatales à Cryptosporidium chez les jeunes ruminants, la médecine vétérinaire joue un rôle central dans la limitation de la contamination environnementale par les oocystes parasitaires. Ce travail bibliographique explore les relations plurielles qui s'établissent entre cryptosporidiose et microbiote. L'infection à Cryptosporidium se manifeste par une dysbiose intestinale transitoire. La sensibilité à l'infection liée à l'âge chez les jeunes ruminants semble pouvoir s'expliquer en partie par une immaturité immunitaire et microbiotique en lien avec un régime alimentaire encore peu diversifié. Les souches bactériennes utilisées comme probiotiques sont à l'origine d'une réduction souvent significative de la durée et de l'intensité de l'excrétion fécale d'oocystes et des signes cliniques, et ce d'autant plus que leur administration est précoce. Cette efficacité est au moins similaire aux traitements conventionnels. Une approche thérapeutique multimodale associant thérapies conventionnelles et modificateurs du microbiote intestinal, probiotique, prébiotique, moins probablement transplantation fécale, en association avec des pratiques d'élevage et des mesures d'hygiène strictes peuvent constituer une alternative pertinente dans la gestion des diarrhées néonatales à Cryptosporidium chez le jeune ruminant non sevré.[-]

Le microbiote intestinal fait de nos jours l'objet de nombreuses recherches et apparaît désormais comme un élément capital pour la bonne santé globale d'un individu. Ce travail de thèse bibliographique s'est concentré sur la mise en place et l'importance du microbiote digestif chez les nouveau-nés carnivores domestiques. La mise en place de ce microbiote digestif commence dès la période de gestation. En effet, il a été récemment démontré que le liquide amniotique et l'endomètre ne sont pas stériles et que le fœtus dispose de son propre microbiote avant la naissance. Le microbiote et le corps de la mère sont très bouleversés au cours de la gestation pour permettre de favoriser les bactéries nécessaires au bon développement des petits. La transmission du microbiote maternel se poursuit par la mise-bas qui lorsqu'elle est naturelle permet au petit de bénéficier de la flore vaginale de la mère. Ainsi, la qualité du microbiote maternel permet d'assurer la viabilité du descendant par transmission in utero et lors de la mise-bas. La génétique de la race ne semble impacter le microbiote que bien plus tard au cours de la vie de l'individu. Une fois les petits nés, la transmission continue par l'intermédiaire du colostrum puis du lait maternel dont la composition en bactéries dépend aussi du type de mise bas. Le colostrum et le lait apportent aux petits les nutriments et le microbiote nécessaire à leur bon développement et sont d'autant plus important quand les petits sont nés par césarienne. Puis, vient le temps du sevrage, le régime alimentaire prend alors le relai et influence considérablement la composition du microbiote intestinal jusqu'à une stabilisation à l'âge adulte. L'environnement ainsi que l'administration d'antibiotiques influencent, eux aussi, la flore digestive des petits en faisant varier la diversité de bactéries qui la composent. Toutes ces variations de composition du microbiote intestinal du nouveau-né carnivore domestique engendrent des conséquences au cours de la vie de l'animal. En effet, le développement précoce du microbiote intestinal permet la mise en place du système immunitaire inné, influence le taux de survie des petits et participe à l'apparition de maladies digestives telles que les diarrhées aigües ou les entéropathies chroniques ou extra-digestives comme l'obésité et la dermatite atopique qui peuvent se déclencher même à l'âge adulte. Cependant, des découvertes récentes constituent des pistes de traitements concernant les dysbioses digestives. En effet, la transplantation fécale, les pré/pro et symbiotiques ainsi que les complémentations alimentaires assureraient le rétablissement de la flore commensale digestive altérée durant les premiers moments de vie.[-]

Dans l'actualité scientifique, médicale et vétérinaire en particulier, ainsi que dans les médias de vulgarisation scientifique destinés au grand public, la notion de microbiote, appliqué aux écosystèmes digestif ou cutané, connaît un certain engouement, à cause des multiples perspectives, notamment dans le domaine de la santé, que permet leur connaissance. C'est le cas aussi dans le domaine des productions animales, en particulier pour l'utilisation ultérieure du microbiote à des fins diagnostiques (marqueurs biologiques), préventives et thérapeutiques. Dans cette étude, nous avons étudié la structure du microbiote bactérien à différents étages du tube digestif de brebis laitières de race Lacaune, en fonction de deux facteurs de variations que sont l'âge et la sensibilité aux mammites grâce à l'utilisation de lignées génétiques divergentes. Les résultats décrivent les variations du microbiote digestif des brebis, jusqu'alors peu connu, et l'effet des facteurs de variations susnommés.[-]

Les communautés de micro-organismes présents sur la peau sont regroupées sous le nom de microbiote. Il représente avec son environnement un véritable écosystème capable d'interagir avec le milieu extérieur, le système immunitaire de l'hôte et les autres micro-organismes sans forcément nuire à l'hôte. Il a été étudié par diverses méthodes : la culture bactérienne suivie plus tard de méthodes de séquençage de l'ARNr 16S. Ces études ont permis de faire un état des lieux des espèces bactériennes présentes sur la peau des chiens, des chats et des hommes. Chez les trois espèces étudiées ici, on retrouve les mêmes familles de bactéries en majorité mais dans des ordres d'importance différents. On trouve, le plus souvent, les Protéobactéries, les Firmicutes, Les Actinobactéries et les Bacteroidetes. Leur abondance sur la peau est liée directement à l'espèce, à l'individu (âge, race, stade physiologique), à l'environnement (habitat, climat,…) ou au mode de vie. Les interactions entre le microbiote cutané et l'hôte sont essentielles pour la santé de la peau de l'hôte, un déséquilibre pouvant ainsi engendrer des maladies cutanées.[-]

Les études récentes du microbiote intestinal des mammifères ont démontré que les populations microbiotiques sont en interaction constante, mais qu'elles sont aussi influencées par de nombreux facteurs comme la génétique, l'alimentation, le mode de vie ou l'état de santé de l'hôte. L'étude de l'influence du statut parasitaire de l'hôte sur son microbiote intestinal a conduit à des résultats intéressants, notamment chez l'homme et chez la souris. En revanche, cette influence du parasitisme a été très peu étudiée dans l'espèce canine. L'objectif de cette thèse est donc d'analyser les variations de composition et de diversité du microbiote fécal canin en fonction du statut parasitaire des chiens inclus dans notre cohorte. La cohorte des chiens de notre étude se compose de 67 Yorkshire Terriers, 93 Bergers Allemands et 116 Bergers Australiens. Chaque prélèvement fécal collecté après émission spontanée a été analysé par une analyse coproscopique par flottation et une recherche de Giardia spp. par test antigénique ELISA. Une analyse microbiologique des échantillons par la méthode de l'ARNr 16S devait être réalisée par l'unité MIHA de l'institut MICALIS du laboratoire INRAE de Jouy-en Josas, France. Cependant, le contexte sanitaire en France en 2020-2021 a imposé le report des analyses microbiologiques, ce travail expérimental ne fournit donc pas de résultats quant à la question biologique posée initialement.[-]

Chez l'Homme, les recherches sur le microbiote intestinal sont plus avancées que chez le chien. Elles ont notamment pu révéler qu'il existe de nombreux facteurs de variation du microbiote intestinal, avec comme facteur majeur l'alimentation. Ainsi, de plus en plus d'études sont réalisées à ce sujet, notamment en ce qui concerne l'influence de la teneur en macronutriments, ou encore l'effet de régimes à base de viande crue sur le microbiote intestinal. Ainsi, chez le chien, des différences majeures ont été observées entre ceux nourris avec des régimes majoritairement protéiques et ceux nourris avec des régimes majoritairement glucidiques. Les lipides et les fibres jouent aussi un rôle. L'alimentation à base de viande crue a aussi un effet sur le microbiote. Cependant, le rôle de chaque espèce bactérienne du microbiote intestinal du chien n'est pas connu, ne permettant pas de conclure précisément sur un effet bénéfique ou délétère de chaque type de régime. Ainsi, il serait intéressant d'étudier ces variations de microbiote en relation avec les variations de fonction. C'est dans cette optique que 3 cohortes ont été constituées lors de la réalisation de ce travail, l'une de bergers allemands, l'une de bergers australiens et l'une de yorkshire. Ces 3 cohortes sont constituées de 62 à 113 animaux et vont permettre de réaliser des études précises et comparatives sur le microbiote intestinal et l'effet de l'alimentation sur ce-dernier.[-]

L'obésité chez le chat est un fléau grandissant. C'est un facteur prédisposant à de nombreuses pathologies comme le diabète sucré de type 2. L'obésité survient lors de dérèglements de l'équilibre entre l'ingéré et les dépenses énergétiques, néanmoins c'est une maladie multifactorielle dont les influences ne sont pas toutes élucidées. Depuis plusieurs dizaines d'années chez l'homme, on soupçonne l'implication du microbiote intestinal dans la survenue et l'entretien de l'obésité, depuis peu les mêmes questions de posent dans l'espèce féline. C'est pourquoi l'objectif de cette thèse était de mettre en évidence l'influence du surpoids et de l'obésité sur la composition du microbiote intestinal chez le chat. Dans un premier temps nous avons constitué une coprothèque de 105 chats afin d'obtenir un échantillonnage le plus représentatif possible des chats français. Dans un second temps nous devions étudier la variation de composition du microbiote intestinal du chat selon sa note d'état corporel par séquençage de l'ARN ribosomique 16S, néanmoins cette étape n'a pu être réalisée en raison des conditions sanitaires. Néanmoins, notre coprothèque est une base de travail pour ensuite l'analyse de l'influence de divers paramètres sur la composition du microbiote intestinal félin.[-]

Le microbiote gastro-intestinal, l'ensemble des micro-organismes peuplant le tube digestif, est un sujet d'intérêt grandissant. En médecine humaine, sa composition, ses rôles physiologiques et ses liens avec diverses maladies sont de mieux en mieux connus. L'exploration du microbiote intestinal balbutie en médecine vétérinaire. Dans ce domaine, le chat, premier animal de compagnie en France, est relativement ignoré au profit du chien. L'environnement et le mode de vie sont des facteurs majeurs de variation du microbiote, qui demeurent pourtant parmi les moins explorés. Chez la gent féline, les quelques études disponibles tendent à montrer que la composition du microbiote intestinal dépend du milieu de vie et est influencée par la vie en extérieur en opposition à la vie en intérieur, ou encore par la consommation de proies entières. Malheureusement, la plupart des études sur le microbiote félin portent sur un nombre limité d'animaux, leur puissance statistique s'en trouve limitée. Nous avons contribué à la constitution d'une large banque de fèces félines, dont l'objectif ultime est de cerner plus représentativement la composition du microbiote intestinal félin et ses facteurs de variations. Nous avons actuellement réuni 106 échantillons de fèces félines à partir d'animaux aux profils variés. En termes de mode de vie, les chats étaient majoritairement des chats de particuliers, sortant à l'extérieur, chasseurs et en contact avec d'autres chats. Cependant, le spectre des modes de vie était large et chaque animal avait un profil unique. L'analyse du contenu de cette coprothèque pourra permettre de mieux comprendre comment le mode de vie façonne le microbiote intestinal félin.[-]

Le microbiote intestinal constitue un domaine d'intérêt grandissant, aussi bien en médecine humaine que vétérinaire, et les connaissances à son sujet se développent constamment. Il joue de nombreux rôles dans la santé de son hôte, intervient dans la pathogénie de certaines affections et est susceptible de varier en réponse à divers facteurs. L'alimentation, notamment, a un impact marqué sur la composition qualitative et quantitative du microbiote intestinal. Ces observations, principalement relevées chez l'Homme, sont également retrouvées chez le chat domestique, pour lequel il existe encore peu d'études. L'objectif de notre travail est de constituer une cohorte de chats représentative de la population de chats domestiques adultes en France et d'en analyser le microbiote, afin d'une part de constituer une base de données significative, et d'autre part d'étudier l'impact de divers facteurs sur le microbiote, notamment l'alimentation. Une cohorte de 105 individus a été constituée avec, pour 96 d'entre eux, des informations exploitables sur leur régime alimentaire. Les chats de notre étude consomment tous des croquettes, mais la composition en macronutriments de leur alimentation varie beaucoup d'un individu à l'autre, notamment les proportions de protéines, de glucides et de fibres. Ces variations sont susceptibles de se répercuter sur la composition de leur microbiote.[-]

La coprologie est la discipline scientifique consistant en l'étude des matières fécales. Chez le cheval, elle est souvent synonyme de coprologie parasitaire, qui correspond à l'examen macroscopique et microscopique des fèces permettant de mettre en évidence la présence d'helminthes. De nombreuses autres analyses coprologiques peuvent cependant être menées. Ce travail de thèse s'attache à faire un état des lieux des tests coprologiques non parasitaires disponibles chez le cheval. Les grands principes de la digestion des macronutriments chez le cheval sont décrits afin de comprendre les tests coprologiques visant à évaluer la digestion d'un individu. Les fibres, principale source d'énergie du cheval, sont digérées grâce à une microflore riche et variée. Une description quantitative et qualitative de la microflore intestinale et fécale est donnée, afin de pouvoir en interpréter les variations physiologiques ou pathologiques. Les méthodes coprologiques d'évaluation de la digestion sont les plus documentées, la capacité digestive d'un individu étant fondamentale à sa santé et à son bien-être. Les tests coprologiques à visée diagnostique sont ensuite détaillés, avec une attention particulière aux tests rapides destinés au diagnostic de terrain des saignements occultes lors d'ulcères gastro-intestinaux et des impactions au sable. D'autres tests, réalisés en laboratoire, sont également détaillés en raison de leur utilité dans le diagnostic ou la prévention : recherches virales et bactériennes, dosage des hormones stéroïdes et tests de détection de dopage. La coprologie a comme avantage majeur d'être une méthode non invasive, contrairement aux analyses sanguines. Cela permet son application chez les chevaux anxieux, dans le domaine de la recherche pour éviter de multiplier les actes invasifs ou plus globalement pour éviter un stress non nécessaire à un cheval. Si les tests coprologiques non parasitaires appartiennent majoritairement au domaine de la recherche, leur application à l'évaluation de la digestion et au diagnostic individuels mériteraient plus d'études et une utilisation plus répandue sur le terrain.[-]

Le microbiote intestinal des mammifères est un sujet d'étude qui présente un intérêt grandissant, notamment en raison de ses nombreuses implications dans la santé de l'hôte. Les données scientifiques actuelles sur le microbiote intestinal concernent principalement l'humain et les rongeurs de laboratoire. Récemment, des équipes scientifiques se sont penchées sur la caractérisation du microbiote intestinal des carnivores domestiques ; toutefois, les études décrivant le microbiote félin sont relativement peu nombreuses et le plus souvent restreintes à des cohortes de faible taille. De plus, à l'heure actuelle, il n'existe aucun consensus concernant les méthodes de prélèvement adaptées pour l'étude du microbiote félin. Notre objectif global est d'analyser un grand nombre de spécimens fécaux de chats tout-venant, afin de caractériser le microbiote fécal félin et de rechercher d'éventuelles signatures microbiennes liées à des variables de l'hôte (race, alimentation, etc.). Cette thèse constitue la première étape de ce projet d'envergure : la mise en place d'une coprothèque féline. Quatre-vingt-un spécimens fécaux ont été récoltés sur une période d'un an et demi. Le nombre de prélèvements est inférieur à nos attentes, néanmoins, les données obtenues lors de cette étude nous ont permis de mettre en lumière les contraintes liées à la collecte de selles de chats domestiques. Ainsi, nous proposons des protocoles de récolte fécale adaptés à la fois à la conservation optimale des micro-organismes fécaux pour leur analyse ultérieure et aux comportements félins.[-]

Le microbiote digestif est l'ensemble des micro-organismes, essentiellement bactériens, contenus dans le système digestif d'un hôte. Il a été récemment découvert, de même que ses impacts multiples sur l'organisme. Grâce à ses nombreuses voies de communication avec le système nerveux central, il intervient dans le métabolisme, le développement mais aussi le comportement de l'hôte. Une dysbiose, c'est-à-dire une modification des phyla bactériens les plus prévalents du microbiote digestif, peut être à la fois cause et conséquence d'une pathologie de l'hôte. Cela a été prouvé pour certaines pathologies digestives comme les infections à Clostridium difficile et des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI). De plus, l'impact d'une dysbiose sur le comportement de l'hôte est non négligeable, et les travaux récents semblent impliquer, chez l'homme, que le microbiote est impliqué dans les troubles psychiatriques comme le stress, la dépression et l'anxiété. Notre hypothèse est que ce qui est valable pour l'homme est valable pour le chien. Grâce à une étude bibliographique, ce travail tente de prouver que les troubles comportementaux canins et humains sont similaires dans leur pathogénie et dans l'implication probable du microbiote digestif dans leur génèse et/ou leur maintien. La transplantation de microbiote fécal, qui a fait ses preuves pour le traitement de certaines MICI, pourrait représenter une alternative thérapeutique valide à ces troubles chez le chien.[-]