La conversion de forêt en cultures agricoles entraîne des changements brusques et irréversibles des écosystèmes. De tels changements peuvent modifier la distribution des rongeurs et donc des pathogènes qu'ils hébergent. L'hypothèse que pose cette étude est que la déforestation modifie la population des rongeurs et favorise la transmission de leptospirose. L'étude se base sur un modèle de chronoséquence où trois zones à des temps différents de déforestation représentent trois étapes du processus de déforestation : forêt intacte ; forêt perturbée et champs récents. Les rongeurs sont capturés dans ces trois zones et testés par PCR en temps réel pour déterminer les individus excrétant des leptospires. Les leptospires pathogènes ont été séquencées et identifiées afin de déterminer le potentiel risque de leptospirose humaine au cours de la déforestation.[-]