L'imagerie s'est imposée dans l'exploration de l'ensemble des affections neurologiques centrales. L'imagerie par résonance magnétique (IRM) en particulier est devenue la technique de choix dans l'étude des lésions de l'encéphale car elle offre un contraste tissulaire très élevé, sans artefacts gênants dans la fosse postérieure et que le choix grandissant de séquences disponibles permet d'améliorer le seuil de détection des lésions. Elle permet ainsi la mise en évidence des lésions tumorales, inflammatoires, malformatives, dégénératives et ischémiques, même de taille modeste. Pourtant, l'IRM reste actuellement un outil peu disponible, les temps d'acquisition des images requièrent des anesthésies longues et la résolution des images demeure très inférieure à celle obtenue au scanner. Le scanner reste donc utile, notamment pour évaluer les animaux polytraumatisés, les animaux pour lesquels une anesthésie longue peut s'avérer risquée et lors de suspicion d'hémorragie cérébrale. Il met par ailleurs en évidence la grande majorité des lésions qui entraînent des modifications macroscopiques, et décrit avec précision les anomalies osseuses associées aux lésions des cavités nasales, du crâne et des oreilles moyennes. Quelle que soit la technique choisie, l'imagerie doit cependant être souvent complétée par la réalisation d'une analyse du liquide cérébrospinal, voire d'une biopsie cérébrale.