Les épizooties du passé, en dépit de leur l’impact économique, sanitaire et social sur les sociétés agro-pastorales anciennes, restent en grande partie méconnues. Ces crises de mortalité animales sont particulièrement mal documentées en archéologie, et les millions de victimes décrites par les textes paraissent à première vue n’avoir laissé aucune trace matérielle. Cette thèse s’attache donc à explorer cette absence, et à démontrer qu’il est non seulement possible de mettre en évidence des dépôts animaux consécutifs à des crises de mortalité, mais également, dans les cas favorables, d’identifier les causes spécifiques des décès. Cet objectif est abordé par le développement de deux outils diagnostiques via une démarche interdisciplinaire mêlant méthodes et données de l’archéologie, de l’histoire et de la médecine vétérinaire. Le premier outil se présente sous la forme d’une grille d’analyse permettant l’identification des crises de mortalité animales parmi tous les dépôts de faune rencontrés en archéologie. Le second est une démarche de diagnostic différentiel de la nature des crises, reposant sur la confrontation entre les caractéristiques épidémiologiques des dépôts animaux et celles des principales causes de mortalité identifiées aux époques étudiées. Des examens complémentaires ciblés permettent alors la validation des hypothèses diagnostiques obtenues. Une cinquantaine de dépôts animaux témoignant vraisemblablement de crises de mortalité passées sont ainsi identifiés dans la bibliographie, corpus faisant l’objet d’une analyse multicritère diachronique et par espèce. Six assemblages ovins datés de l’Antiquité à la période Moderne sont ensuite sélectionnés pour une étude archéologique et ostéologique approfondie. L’application du protocole d’analyse permet la formulation d’hypothèses diagnostiques dans cinq cas sur six, et dans un cas leur confirmation par la mise en évidence du pathogène incriminé. Les résultats combinés de ces recherches forment ainsi la première tentative rigoureuse de compilation et d’analyse d’un phénomène encore très mal connu, et contribuent à la création d’une histoire des maladies animales.