Cette thèse fait tout d'abord un rappel synthétique sur la bactérie étudiée, la salmonelle. Ensuite, elle décrit les différents facteurs de risques présents sur les élevages bovins lait cru, qui pourraient favoriser une contamination par Salmonella spp., et les moyens de gestion associés. Ils sont répertoriés sous forme de fiches synthèse, à destination des vétérinaires. Ces derniers les utilisent, au cours d'un audit, comme guide diagnostic de l'élevage concerné. Cela permet ainsi d'éviter l'apparition des cas de contamination, et donc d'agir avant le déploiement du « Plan Salmonelles » des Savoie. Dix entretiens semi-directifs ont été menés dans les Savoie afin d'étudier le point de vue des éleveurs bovins travaillant avec du lait cru et ayant subi un ou plusieurs épisodes de contamination par la salmonelle, entre 2018 et 2023. Le croisement et la confrontation des ressentis mettent en lumière l'existence d'un outil de gestion efficace lors d'une telle contamination : le « Plan Salmonelles » des Savoie. Néanmoins, quelques aspects négatifs restent encore à améliorer, tels que la prise en compte du côté humain.Il en ressort également que les éleveurs ont, de manière générale, une volonté de participer à ce type d'enquête de terrain afin de montrer la complexité de la réalité et les difficultés auxquelles ils doivent faire face. Cependant, l'expression de ce mal-être reste encore un sujet compliqué à aborder pour les exploitants. C'est pourquoi, notre rôle, en tant que vétérinaire, est aussi de les encourager à prendre la parole.[-]

Les Escherichia coli entérohémorragiques sont responsables d'infections chez les humains, pouvant se compliquer en un Syndrome Hémolytique et Urémique parfois mortel. La contamination se fait souvent par l'ingestion d'aliments contaminés, comme notamment la viande hachée insuffisamment cuite ou les produits contenant du lait cru. Les bovins constituent le réservoir principal des EHEC et les excrètent de façon asymptomatique, rendant difficile leur détection. Les objectifs de cette étude étaient à la fois d'évaluer la concordance entre deux méthodes de prélèvement et de déterminer les facteurs de variation de l'excrétion des EHEC O26:H11 par les veaux laitiers. Pour cela, 57 veaux laitiers de quatre fermes ont été prélevés trois à quatre fois entre la naissance et le sevrage et les événements marquants de leur vie ont été relevés. De plus, des données météorologiques ont été recueillies via des capteurs. Cette étude réalise un premier traitement des résultats d'un projet plus large, nommé « ConEHECtion ». Notre étude a évalué la concordance entre le prélèvement de fèces et l'écouvillon de la jonction recto-anale comme étant modérée pour l'analyse de 1ère intention (kappa = 0,53 [0,38 ; 0,67]95%), importante pour l'analyse de confirmation (kappa = 0,61 [0,33 ; 0,89]95%) et modérée pour le résultat global (kappa = 0,58 [0,41 ; 0,75]95%). D'autre part, un modèle logistique a été réalisé afin d'évaluer l'impact de certains paramètres sur l'excrétion d'EHEC O26:H11. Notre étude a mis en évidence qu'un allotement récent augmentait significativement l'excrétion des EHEC O26:H11 (OR = 5,25 et p = 0,036). De même, les veaux âgés de 21 à 30 jours et de 56 à 60 jours excrétaient plus souvent la bactérie que les veaux âgés de 0 à 7 jours (OR = 51,4, p = 0,002 et OR = 167, p < 0,001 respectivement). En revanche, une baisse de l'humidité relative minimale sur les quatre jours précédant le prélèvement augmentait la probabilité d'excrétion de la bactérie (OR = 0,69 et p = 0,028). Cependant, les autres paramètres testés tels que l'effet de la ferme, la température ou le THI n'étaient pas significativement associés à l'excrétion d'EHEC O26:H11. Mieux comprendre les facteurs régissant l'excrétion de ce pathogène au sein des élevages est essentiel au vu de son impact dans le domaine de la santé publique et des contaminations encore régulières qu'il provoque. Développer des moyens de maîtrise adaptés à l'échelle de la ferme apparaît comme une nécessité et constitue l'un des objectifs de la suite du projet « ConEHECtion ».[-]

Les salmonelles sont des bactéries pathogènes chez de nombreuses espèces de vertébrés et en particulier les bovins, chez qui elles provoquent différents tableaux cliniques (avortement, diarrhée...) potentiellement mortels. Leur pouvoir pathogène s'exprime aussi chez les humains suite à l'ingestion d'aliments contaminés. Même si les produits au lait cru ne sont pas la catégorie alimentaire la plus à risque, ils sont régulièrement à l'origine de TIAC. Ce fut le cas à la fin de l'été 2012 lorsque plusieurs TIAC ont été signalées suite à la consommation de Saint-Nectaire fermiers, toxi-infections imputées aux salmonelles après enquête sanitaire. La filière a réagi en déclenchant différents travaux d'investigation afin de prévenir les contaminations et d'améliorer le contrôle des produits mis sur le marché. Cette prévention implique une hygiène de traite rigoureuse et une bonne gestion zootechnique et sanitaire de l'élevage lors de signes cliniques compatibles avec un épisode salmonellique, en collaboration avec les conseillers extérieurs à l'élevage. Les audits réalisés pour ce travail chez une partie des éleveurs touchés ont permis d'établir un état des lieux des pratiques d'élevages et ont relevé l'existence de divers facteurs de risque qui augmentaient la prévalence des contaminations. Certains de ces points, notamment concernant l'hygiène de traite, sont à améliorer absolument afin de parvenir à une maîtrise de ce risque, tout en conservant la typicité de caractère de cette production majeure parmi les fromages français au lait cru sous AOP.[-]