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En France, le hamster commun (Cricetus cricetus) est une espèce protégée en danger critique d'extinction. Bien que les maladies chez cette espèce soient mal documentées, elles pourraient avoir un impact significatif sur la dynamique des populations, en particulier lorsque celles-ci sont petites et fragmentées. La détection précoce des problèmes de santé émergents dans les populations sauvages de hamsters est donc cruciale. Nous avons développé une nouvelle méthode de détection précoce des maladies chroniques ou subaiguës dans les populations sauvages de hamsters, basée sur le piégeage photographique opportuniste. En analysant les photographies recueillies entre 2010 et 2023 (issues de diverses expériences et suivis), classées par année, saison, commune et terrier, nous avons pu déterminer l'évolution spatio-temporelle des terriers abritant des individus présentant des lésions. Nos résultats révèlent que les lésions cutanées, oculaires et les faibles notes d'état corporel sont les trois principales familles lésionnelles observées. Sur l'ensemble de la période étudiée, aucune différence significative n'a été relevée entre les zones où les hamsters provenaient d'élevages et celles où ils étaient sauvages (p = 0.09). Toutefois, l'année 2021 a montré une proportion significativement plus élevée d'événements positifs par rapport aux autres années (p = 0.01), en corrélation spatiale avec les lâchers de hamsters d'élevage, bien que cette observation reste à ce jour inexpliquée. L'analyse des photographies par un biologiste a démontré une capacité d'analyse satisfaisante (d'environ 80 % de justesse lésionnelle), ce qui soutient l'extension de cette méthode à une plus grande échelle. Étant donné que ce projet est né en réaction à des photographies de hamsters présentant des signes d'alopécie, que l'on a diagnostiqué comme étant des lésions de dermatophytose, nous allons déterminer, dans un second temps, la présence de dermatophytes chez cette espèce à la fois en milieu sauvage et en captivité (enclos VINCI, laboratoire CNRS et SFS). Nous avons exploré l'association potentielle entre le portage de cet agent pathogène et la présence de lésions cutanées, et une potentielle dissémination par les élevages de ce pathogène. Nos résultats montrent que la prévalence de T. mentagrophytes s'élève à 36% [IC 95% : 21%-51%], indiquant qu'environ un hamster sur trois est porteur en milieu extérieur. Aucune association significative n'a été trouvée entre le portage de T. mentagrophytes et l'âge (p = 0.1346) ni entre ce portage et la présence de symptômes cutanés (p = 0.073). Enfin, les élevages ne semblent pas disséminer le pathogène en milieu sauvage. Cette étude sur les dermatophytes illustre l'approfondissement possible du suivi sanitaire par analyse photographique par une investigation plus poussée des signes cliniques observés en photographie. Il reste encore à perfectionner les protocoles et à intégrer cette méthode dans les pratiques quotidiennes des biologistes. Néanmoins, ces résultats prometteurs mettent en évidence l'intérêt d'une surveillance syndromique pour la conservation du Hamster commun.
[-] En France, le hamster commun (Cricetus cricetus) est une espèce protégée en danger critique d'extinction. Bien que les maladies chez cette espèce soient mal documentées, elles pourraient avoir un impact significatif sur la dynamique des populations, en particulier lorsque celles-ci sont petites et fragmentées. La détection précoce des problèmes de santé émergents dans les populations sauvages de hamsters est donc cruciale. Nous avons développé ...
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La diarrhée virale bovine (BVD) est l'une des maladies bovines les plus importantes au monde en raison de ses impacts sanitaires et économiques. En Europe, cette maladie est désormais réglementée, et un plan de lutte est en place en France depuis 2019. La Bretagne, région étudiée, a entamé dès les années 2020 une démarche d'éradication de la BVD, ce qui en fait la région française la plus proche du statut indemne. Dans ce contexte, la mise en place d'un programme de surveillance est essentielle, à la fois pour prouver l'absence du virus sur le territoire et pour détecter rapidement toute introduction virale dans cette région à statut indemne. l'objectif de cette étude est d'identifier le programme de surveillance le plus adapté à la Bretagne, en déterminant les tests à privilégier et les élevages à cibler. l'évaluation des programmes de surveillance repose sur deux critères principaux : la rapidité de détection et le coût global, comprenant les coûts directs des tests et les coûts indirects liés aux faux positifs entraînant des investigations inutiles. Cette étude s'appuie sur le modèle épidémiologique de la propagation de la BVD développé par l'équipe DYNAMO. Les résultats montrent que le programme de surveillance le plus efficace combine des tests sérologiques effectués sur le lait de tank pour les élevages laitiers et sur des sérums de mélange pour les autres élevages, ciblant les 20% d'élevages ayant le plus de voisins dans la métapopulation. Ce dispositif est complété par des tests virologiques réalisés à la naissance sur les veaux issus de vaches achetées gestantes.
[-] La diarrhée virale bovine (BVD) est l'une des maladies bovines les plus importantes au monde en raison de ses impacts sanitaires et économiques. En Europe, cette maladie est désormais réglementée, et un plan de lutte est en place en France depuis 2019. La Bretagne, région étudiée, a entamé dès les années 2020 une démarche d'éradication de la BVD, ce qui en fait la région française la plus proche du statut indemne. Dans ce contexte, la mise en ...
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Cinquante ans après la réintroduction dans les Vosges et dans le Massif Jurassien Suisse du Lynx boréal Lynx lynx, ses effectifs restent faibles et l'espèce demeure en danger d'extinction en France. La principale menace pesant sur le Lynx boréal sont les collisions routières mais l'importance des maladies est peu connue. Ce travail présente, tout d'abord, l'élaboration d'un protocole d'observation clinique de données collectées par piégeage photographique et destiné aux biologistes en charge du suivi populationnel de l'espèce. Cette méthode a, ensuite, été appliquée aux 3574 événements, soit 270 individus identifiés, présents dans la base de photo identification du Lynx boréal du Réseau Loup Lynx de l'Office Français de la Biodiversité entre 1997 et 2020. Les lynx étudiés présentent au moins un trouble pour 17 % d'entre eux. Les troubles majoritairement observés sont cutanés. Les autres sont des troubles de l'état corporel, des troubles oculaires ou locomoteurs, des malformations et rarement des troubles respiratoires, de comportements ou digestifs. Ces derniers troubles se concentrent à la fin de la période d'étude qui correspond aussi à la période avec le plus de pièges photographiques et donc de données. Spatialement, les troubles sont principalement localisés dans les départements du Doubs, du Jura et de l'Ain avec deux zones spécialement denses en troubles cutanés au sud de l'Ain et à l'Est du Jura. Cette méthode et ces résultats ont, enfin, été comparés au suivi post mortem effectué par le Réseau SAGIR. Cela a montré la complémentarité des deux méthodes et permis d'avancer des hypothèses étiologiques pour certains des troubles observés par piégeage photographique.
[-] Cinquante ans après la réintroduction dans les Vosges et dans le Massif Jurassien Suisse du Lynx boréal Lynx lynx, ses effectifs restent faibles et l'espèce demeure en danger d'extinction en France. La principale menace pesant sur le Lynx boréal sont les collisions routières mais l'importance des maladies est peu connue. Ce travail présente, tout d'abord, l'élaboration d'un protocole d'observation clinique de données collectées par piégeage ...
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La gestion du risque zoonotique associé aux animaux d'élevage repose en partie sur des mesures sanitaires comme le dépeuplement. Cependant, cette option n'est pas envisageable par les populations pratiquant l'hindouisme. Ce travail de thèse s'inscrit dans le contexte des risques zoonotiques associés aux bovins en Inde. L'objectif était, à partir d'une revue de la littérature, de décrire les activités agricoles, les filières bovines et les maladies zoonotiques d'intérêt. Des facteurs environnementaux, socio-économiques et zootechniques peuvent favoriser l'apparition et/ou le maintien de maladies zoonotiques sur le sous-continent. Les filières d'élevage lait et viande sont bien développées en Inde et amènent une large majorité de la population à être régulièrement au contact des bovins. Des maladies, comme la tuberculose, la brucellose ou la rage, sont fortement prévalentes dans le pays et posent un réel challenge en terme de gestion et de prévention. D'autres maladies, telle la leptospirose, représente un problème croissant. Ces maladies bénéficient de programmes de surveillance et de mesures de gestion particulières. Cependant, d'autres affections zoonotiques, telles que le charbon, la fièvre hémorragique Crimée-Congo, la fièvre Q, l'échinococcose kystique, si elles doivent être signalées, ne disposent pas de plan de gestion. Enfin, certaines zoonoses, de moindre incidence ou gravité clinique pour les humains, sont peu surveillées. C'est le cas de la chlamydophilose bovine, la teigne, les poxviroses, la cysticercose ou la toxoplasmose. Ces maladies sont présentées ici, ainsi que leur prévalence et répartition dans le pays.
[-] La gestion du risque zoonotique associé aux animaux d'élevage repose en partie sur des mesures sanitaires comme le dépeuplement. Cependant, cette option n'est pas envisageable par les populations pratiquant l'hindouisme. Ce travail de thèse s'inscrit dans le contexte des risques zoonotiques associés aux bovins en Inde. L'objectif était, à partir d'une revue de la littérature, de décrire les activités agricoles, les filières bovines et les ...
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Le lynx boréal (Lynx lynx) est un grand prédateur considéré « en danger » en France par l'UICN dont les cadavres découverts sur le sol national sont collectés par le réseau SAGIR. Une problématique mondiale pour les prédateurs sauvages est leur exposition à divers micropolluants persistants, notamment aux rodonticides antivitamine K (AVK) utilisés abondamment pour lutter contre les rongeurs nuisibles. Ces molécules se retrouvent chez des prédateurs non-cibles par consommation de proies contaminées (rongeurs ou autres). Cette contamination peut causer la mort des individus et déclencher divers effets subléthaux, notamment une perte de vigilance pouvant prédisposer aux collisions routières (cause importante de mortalité pour le lynx). L'objectif de ce travail exploratoire était d'étudier l'ampleur du phénomène d'exposition aux AVK en France entre 2018 et 2022, et d'identifier d'éventuels facteurs de risques tels que des caractéristiques individuelles ou environnementales. Les résultats ont montré une contamination hépatique de 27% des individus analysés (n= 86) à au moins une substance. 9% des 86 lynx étaient multi contaminés et quatre possédaient une concentration totale supérieure au seuil de manifestations cliniques létales utilisé par les experts (0,02 µg/g). Les lynx les plus fréquemment contaminés étaient des individus âgés de plus d'un an avec des domaines vitaux théoriques plus fortement urbanisés. Cela est en faveur d'une implication des usages AVK « biocide » dans et autour des bâtiments, bien que cette espèce soit réputée peu anthropophile. Enfin, aucune association entre contamination aux AVK et risque de collision routière n'a pu être démontrée dans ce travail.
[-] Le lynx boréal (Lynx lynx) est un grand prédateur considéré « en danger » en France par l'UICN dont les cadavres découverts sur le sol national sont collectés par le réseau SAGIR. Une problématique mondiale pour les prédateurs sauvages est leur exposition à divers micropolluants persistants, notamment aux rodonticides antivitamine K (AVK) utilisés abondamment pour lutter contre les rongeurs nuisibles. Ces molécules se retrouvent chez des ...
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De fortes mortalités hivernales sont rapportées chaque année sur les ruchers en France avec une tendance à l'augmentation. Les mauvaises pratiques apicoles et certaines maladies sont citées comme étant des facteurs majeurs expliquant ces mortalités. La mise en application de récentes évolutions réglementaires européennes et françaises a rendu nécessaire la réalisation d'un document reprenant ces modifications à destination des membres de la filière. Ce travail se veut informatif, il reprend l'organisation de la filière d'un point de vue sanitaire ainsi que les principales pathologies apicoles afin d'avoir une meilleure compréhension des mesures réglementaires. L'étude présentée par la suite expose les résultats d'une enquête qualitative réalisée au moyen d'entretiens semi-dirigés dans le but de dresser un état des lieux des connaissances et des avis des principaux acteurs de la filière apicole sur l'organisation du volet sanitaire apicole. Il en ressort l'existence d'une bonne connaissance des menaces et dangers biologiques avec toutefois un côté individualiste et isolé des apiculteurs dans la gestion de leurs problématiques sanitaires. Les évolutions réglementaires ne sont pas connues des apiculteurs, contrairement aux autres acteurs de la filière. Des suggestions et perspectives d'évolution de la filière ont par la suite été développées afin de répondre à ces problématiques apicoles. Cette étude conclut sur la nécessité de réorganisation de la filière apicole dans ce contexte d'évolution réglementaire en prenant en compte les attentes et besoins des acteurs de la filière afin de recueillir une meilleure adhésion et l'application de ces évolutions sur le terrain.
[-] De fortes mortalités hivernales sont rapportées chaque année sur les ruchers en France avec une tendance à l'augmentation. Les mauvaises pratiques apicoles et certaines maladies sont citées comme étant des facteurs majeurs expliquant ces mortalités. La mise en application de récentes évolutions réglementaires européennes et françaises a rendu nécessaire la réalisation d'un document reprenant ces modifications à destination des membres de la ...
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La faune sauvage est fréquemment mise en cause dans l'émergence, l'entretien ou la transmission de pathogènes graves comme ce fût le cas récemment pour le SARS-CoV2. Ainsi, la surveillance les maladies des animaux sauvages est nécessaire au maintien de la santé globale. Cependant, les moyens financiers et techniques étant limités, il est nécessaire de prioriser les actions de surveillance à mener. L'outil Priorité Santé Faune a été mis au point afin de fournir une base d'information et de hiérarchiser les maladies et les espèces sauvages présentes en France suivant plusieurs critères, concernant les caractéristiques biologiques des maladies, leur présence et leurs enjeux. Cet outil doit permettre de sélectionner les maladies ou espèces à surveiller en priorité dans ces espaces protégés. L'objectif de cette thèse est de fournir la base de données de l'outil concernant les maladies infectieuses des Carnivores terrestres sauvages de France métropolitaine. Les critères de priorisation ont été évalués pour 60 maladies virales, bactériennes et parasitaires concernant les 19 espèces de Carnivores sauvages présentes en France. Les virus des Carnivores ont fait l'objet d'une hiérarchisation à l'échelle de la France, qui illustre que des enjeux distincts résultent dans une hiérarchisation différente des maladies à surveiller. Elle identifie plusieurs virus pour lesquels les connaissances restent limitées. La thèse apporte donc une première démonstration du fonctionnement et de l'intérêt de l'outil de hiérarchisation. Il fera l'objet de compléments pour trouver son application pour la surveillance sanitaire de la faune sauvage dans les espaces protégés ou plus généralement.
[-] La faune sauvage est fréquemment mise en cause dans l'émergence, l'entretien ou la transmission de pathogènes graves comme ce fût le cas récemment pour le SARS-CoV2. Ainsi, la surveillance les maladies des animaux sauvages est nécessaire au maintien de la santé globale. Cependant, les moyens financiers et techniques étant limités, il est nécessaire de prioriser les actions de surveillance à mener. L'outil Priorité Santé Faune a été mis au point ...
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Un modèle épidémiologique permettant de représenter des stratégies de surveillance de la diarrhée virale bovine (BVD) en zone indemne a été conçu par l'équipe DYNAMO d'INRAE. Afin de paramétrer ce modèle, une analyse descriptive des données de la base de données nationale d'identification des bovins (BDNI) a été réalisée en se focalisant sur les troupeaux finistériens de 2005 à 2015. Il en est ressorti que certains paramètres, comme le sex-ratio, peuvent être généralisés à tous les animaux de la métapopulation, tandis que d'autres, tels que l'âge au premier vêlage, ne peuvent être généralisés que par catégorie de troupeaux (laitiers ou allaitants par exemple). Avant d'être intégrées au modèle, la pertinence de ces simplifications doit être vérifiée à plus large échelle, ainsi que leur impact sur les prédictions du modèle. En utilisant les paramètres les plus précis possibles, le modèle a ensuite été utilisé pour évaluer des scénarios de surveillance de la BVD dans le sud-ouest du Finistère, supposé indemne pour l'étude. Les scénarios les plus efficaces reposent sur des tests à la naissance des veaux nés de femelles achetées gestantes en zone non-indemne. Il serait intéressant de tester également les veaux nés dans les troupeaux situés en limite de la zone indemne. De la même façon, les scénarios les plus efficaces impliquant des tests sérologiques sont ceux qui testent en priorité les troupeaux frontaliers et les troupeaux faisant beaucoup de commerce de bovins. Ces résultats doivent être confirmés par l'étude d'une zone plus grande.
[-] Un modèle épidémiologique permettant de représenter des stratégies de surveillance de la diarrhée virale bovine (BVD) en zone indemne a été conçu par l'équipe DYNAMO d'INRAE. Afin de paramétrer ce modèle, une analyse descriptive des données de la base de données nationale d'identification des bovins (BDNI) a été réalisée en se focalisant sur les troupeaux finistériens de 2005 à 2015. Il en est ressorti que certains paramètres, comme le ...
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Les contrôles à l'introduction sont un des moyens de surveillance sanitaire du GDS à l'échelle départementale. Une vision d'ensemble de la situation du cheptel du Tarn-et-Garonne a été établie en synthétisant les résultats des dépistages à l'introduction de bovins de 2009 à 2019. Le taux de positivité vis-à-vis des différentes maladies dépistées a été évalué : les animaux introduits sont peu porteurs de BVD (0,3% en 2019) et d'IBR (0,1% en 2019). La néosporose (5,2% en 2019) et la paratuberculose (2,3% en 2019) sont plus représentées. Des facteurs associés à un risque augmenté de positivité ont été identifiés : un bovin de moins de 1 an a respectivement 2 ou 3 fois plus de risque d'être testé positif pour la BVD ou l'IBR à l'introduction qu'un bovin plus âgé. L'impact d'une positivité aux tests réalisés sur une réforme anticipée a été étudié. Ces travaux ouvrent sur une perspective d'observation en continu des résultats de ces contrôles pour améliorer la surveillance des élevages.
[-] Les contrôles à l'introduction sont un des moyens de surveillance sanitaire du GDS à l'échelle départementale. Une vision d'ensemble de la situation du cheptel du Tarn-et-Garonne a été établie en synthétisant les résultats des dépistages à l'introduction de bovins de 2009 à 2019. Le taux de positivité vis-à-vis des différentes maladies dépistées a été évalué : les animaux introduits sont peu porteurs de BVD (0,3% en 2019) et d'IBR (0,1% en ...
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Honeybees are an essential part of farming and the wider ecosystem. Since the middle of the 1990s bee populations around the world have suffered dramatic decline through diseases, intoxication, and unknown causes. Veterinarians have had little training in bee health but as the situation continues, qualified animal health professionals and, in particular, veterinarians are being required to become involved as new dangers threaten honeybee health everywhere because of global apiculture trade and exchanges of honeybees, products of the hive and beekeeping material such as Aethina tumida (the small hive beetle - a beekeeping pest) introduced in Italy in 2014 or the mite Tropilaelaps spp (parasitic mites of honeybees). This book will provide an overview of bee biology, the bee in the wider environment, intoxication, bee diseases, bee parasites (with a large part dedicated to the mite Varroa destructor) pests, enemies, and veterinary treatment and actions relating to honeybee health. The book will also cover current topics such as climate change, crop pollination, use of phytosanitary products, antibiotic resistance, and Colony Collapse Disorder. While aimed at veterinary practitioners, students and veterinarians involved in apiculture and bee health (officials, researchers, laboratory veterinarians, biologists...), the book can also be beneficial to beekeepers, beekeeping stakeholders, animal health and environmental organisations.
[-] Honeybees are an essential part of farming and the wider ecosystem. Since the middle of the 1990s bee populations around the world have suffered dramatic decline through diseases, intoxication, and unknown causes. Veterinarians have had little training in bee health but as the situation continues, qualified animal health professionals and, in particular, veterinarians are being required to become involved as new dangers threaten honeybee health ...
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