Les Retrovirus endogènes représentent une découverte récente de la génétique et de la virologie. Aucune association stricte n'a pu être démontrée à ce jour avec des maladies humaines. Chez les animaux, certaines pathologies cancéreuses sont induites par leur présence. Ce travail fait état des connaissances actuelles concernant l'implication des Retrovirus endogènes chez les mammifères. Chez quatre animaux (souris, chat, mouton et koala) la présence de Retrovirus endogènes a des conséquences pathologiques importantes. Malgré certaines actions directes au cours de processus pathogènes, le rôle majeur de ces séquences intégrées au génome est de favoriser des recombinaisons génétiques avec des formes exogènes de ces virus, et d'induire ainsi une évolution accélérée et/ou une pathogénicité accrue des Retrovirus. Parallèlement aux implications pathogènes, ces séquences apportent de nouvelles fonctions grâce aux gènes présents au sein des provirus endogènes, permettant l'évolution du génome de l'hôte et le protégeant notamment de certaines infections rétrovirales exogènes.