En raison de l'importance financière et sanitaire des zoonoses d'origine alimentaire, la maîtrise des contaminations microbiennes des carcasses est devenue un objectif d'ampleur mondiale. Les microbes incriminés sont les bactéries d'origine entérofécale. Les espèces animales prises comme exemple sont les gros bovins et les porcs car ce sont deux systèmes d'abattage différents, ce qui permet de donner un large éventail des moyens de maîtrise durant la préparation des carcasses. La maîtrise des contaminations bactériennes est un système intégré qui prend en compte l'ensemble de la filière viande et donne à chacun des acteurs de cette filière des responsabilités et des obligations afin de garantir un produit le plus sûr possible.