Ce travail de thèse a permis d'aborder la question de la conduite des troupeaux en filière Comté et de son influence sur les rejets azotés des élevages. Un état des lieux des pratiques en filière Comté a été réalisé grâce à un questionnaire soumis aux éleveurs et à l'exploitation des données du contrôle laitier. Les ateliers génisses et vaches laitières ont été étudiés afin de comprendre leur influence sur les rejets azotés des exploitations. Ainsi, différents leviers d'action sont apparus lors de cette étude permettant d'augmenter l'efficience de l'azote au sein d'une exploitation, comme la diminution des concentrés chez les génisses, la diminution de l'âge au premier vêlage, la bonne gestion de l'alimentation des vache laitières, l'augmentation de la productivité laitière des vaches laitières. Tout ceci, participe aux économies azotés des élevages et donc à la pérennité des exploitations laitières de l'aire de production du Comté.