Les rapaces, via les proies infestées, sont exposés à des parasites (Trichomonas gallinae, nématodes) responsables de maladies de l’appareil digestif crânial de gravité variable. Ce risque parasitaire représente un enjeu de conservation pour les Rapaces sauvages et la biodiversité. Cette étude a 2 objectifs principaux : acquérir de nouvelles connaissances cliniques et épidémiologiques sur ces maladies pour optimiser leur prise en charge en centres de réhabilitation, et évaluer l’impact sur les Rapaces ornithophages de l’épizootie de trichomonose chez les Fringillidés en Europe depuis 2005. 468 rapaces (10 espèces) admis au Centre Vétérinaire de la Faune Sauvage et des Ecosystèmes (CVFSE) de 2012 à 2015 ont été examinés (examen clinique, endo-/cœlioscopie et/ou autopsie). Pour chacun, des examens ont été réalisés pour détecter et identifier T. gallinae (écouvillonnage, culture, typage génomique) et divers nématodes (collecte, identification morphologique). La souche épidémique de T. gallinae est majoritaire chez les rapaces de cette étude. Plusieurs nématodes ont été identifiés (Capillarinae dont Eucoleus dispar, Synhimantus laticeps, S. falconis, S. falco, S. robertdollfusi, Tetrameres dont T. robusta, Procyrnea seurati, Physaloptera alata). Pour chaque parasite, le tableau clinique, les prévalences cliniques/de portage observées et la distribution spatio-temporelle sont présentées. Cette étude fournit une aide au diagnostic des maladies de l’appareil digestif crânial des Rapaces ornithophages et présente de nombreuses données épidémiologiques, certaines inédites en Europe. Ces résultats pourront être profitables aux centres de réhabilitation et à la communauté scientifique.