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La majorité de la consommation de poisson dans le monde a pour origine l'aquaculture. Au vu de cette augmentation, il est intéressant de se pencher sur les conditions d'élevage des poissons et notamment sur leur bien-être. Une des voies pour améliorer ces conditions d'élevage est l'enrichissement de l'environnement. La présente étude s'intéresse à l'effet de l'enrichissement du milieu d'élevage de la truite arc-en-ciel sur l'amélioration du bien-être animal, sur les performances de croissance et sur la résistance des animaux face à un agent pathogène. Nous avons montré que les enrichissements mis en place n'avaient pas d'influence sur les performances de croissance et sur les résultats des marqueurs sanguins (cortisol, lactate et glucose). En revanche, les enrichissements comme les tuyaux en caoutchouc, les laminaires et le filtre bleu sont pertinents en termes d'utilisation par les poissons mais aussi sur l'aspect de la résistance aux agents pathogènes. L'enrichissement « paroi en caoutchouc » ne semble pas quant à lui approprié au regard de son manque d'utilisation par les poissons. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés également à la transposition de ces enrichissements à l'échelle de l'élevage. Cela ne semble pas être une tâche aisée. En effet, une telle mise en œuvre représente un investissement financier important sans pour autant avoir de garantie d'amélioration du bien-être ou des performances de croissance des animaux. C'est pourquoi la notion d'enrichissement mérite encore d'être étudiée en prenant notamment en compte les attentes des éleveurs.
[-] La majorité de la consommation de poisson dans le monde a pour origine l'aquaculture. Au vu de cette augmentation, il est intéressant de se pencher sur les conditions d'élevage des poissons et notamment sur leur bien-être. Une des voies pour améliorer ces conditions d'élevage est l'enrichissement de l'environnement. La présente étude s'intéresse à l'effet de l'enrichissement du milieu d'élevage de la truite arc-en-ciel sur l'amélioration du ...
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L'antibiorésistance à la colistine est une préoccupation mondiale depuis la découverte de gènes mobiles porteurs de cette résistance en 2015. En médecine humaine elle est utilisée en dernier recours contre des bactéries résistantes aux autres traitements, c'est pourquoi la médecine vétérinaire se doit de préserver son efficacité en maitrisant son utilisation. La première partie de cette étude se propose de résumer les données bibliographiques concernant l'utilisation de cet antibiotique, l'importance de son antibiorésistance et de ses caractéristiques, à la fois à l'échelle mondiale et française. La seconde partie de cette thèse, présente 5 études menées par l'équipe APPIFish sur des souches prélevées au sein de plusieurs élevages aquacoles du grand Ouest français. Une recherche de résistance à la colistine est menée sur l'ensemble des souches appartenant aux espèces Pseudomonas spp., Aeromonas spp. et E. coli essentiellement. Plusieurs caractéristiques des souches identifiées comme étant résistantes sont ensuite étudiées : niveau de résistance, autres résistances antibiotiques présentes, type de portage génétique. Ces données sont ensuite comparées à celles issues de la littérature. Ces études ont ainsi montré que malgré la diminution de la consommation en colistine dans le monde en milieu terrestre, des souches résistantes sont bien présentes en milieu aquacole. Le portage de ces résistances ne semble pas être lié aux gènes MCR mais à d'autre mécanismes encore non connus. Les données à ce sujet restent cependant peu nombreuses.
[-] L'antibiorésistance à la colistine est une préoccupation mondiale depuis la découverte de gènes mobiles porteurs de cette résistance en 2015. En médecine humaine elle est utilisée en dernier recours contre des bactéries résistantes aux autres traitements, c'est pourquoi la médecine vétérinaire se doit de préserver son efficacité en maitrisant son utilisation. La première partie de cette étude se propose de résumer les données bibliographiques ...
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La prise en compte de plus en plus importante de la question du bien-être animal et les scandales de maltraitance en abattoir ont interrogé l'acceptabilité des méthodes d'abattage des animaux. En dépit d'un statut socio-zoologique peu enviable et de carences législatives importantes le poisson bénéficie également de cette réflexion sur les méthodes d'abattage. L'Ikejime est une méthode japonaise ancestrale de mise à mort du poisson. Importée en France par quelques passionnés, elle se développe depuis les années 2010. Les utilisateurs de cette méthode revendiquent qu'elle limiterait la souffrance et améliorerait la qualité du poisson. Nous nous sommes interrogés quant à ses bénéfices comparés avec les méthodes d'abattage qu'elle remplace pour partie, l'asphyxie, ou qui sont reconnues comme limitant la souffrance, la commotion et l'électronarcose. La bibliographie plaide pour une amélioration du bien-être au moment de l'abattage via l'Ikejime , avec une induction rapide de l'inconscience et un stress physiologique réduit. Notre essai expérimental sur la technique complète (décérébration et démédullation), très peu étudiée dans la littérature, a confirmé que les marqueurs du stress que sont les lactates et le glucose plasmatiques sont diminués par rapport à l'asphyxie sur glace (respectivement -8,13 (± 0,679) mmol/L et – 0,429 (± 0,0639) g/L p-value <0,001). La bibliographie suggère une amélioration de qualité de la viande par l'Ikejime mais notre expérimentation n'a pas permis de conclure. En parallèle des travaux expérimentaux, la diffusion d'un questionnaire nous a montré la diversité des pratiques de cette méthode nouvelle dans une filière qui reste à structurer en France.
[-] La prise en compte de plus en plus importante de la question du bien-être animal et les scandales de maltraitance en abattoir ont interrogé l'acceptabilité des méthodes d'abattage des animaux. En dépit d'un statut socio-zoologique peu enviable et de carences législatives importantes le poisson bénéficie également de cette réflexion sur les méthodes d'abattage. L'Ikejime est une méthode japonaise ancestrale de mise à mort du poisson. Importée en ...
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Ce manuscrit porte sur la furonculose à Aeromonas salmonicida chez la truite arc-en-ciel, une maladie rencontrée notamment dans les élevages truiticoles français. Une première partie bibliographique vise à présenter l'importance de la vaccination contre les maladies rencontrées en élevage piscicole, plus particulièrement contre la furonculose en France, dans un contexte d'évolution de la durée de production des animaux et de changement climatique. A la suite d'une étude de terrain présentée dans ce document, il apparait que la vaccination contre la furonculose en France est réalisée majoritairement via des auto-vaccins, sans qu'il n'existe de protocole vaccinal précis. L'efficacité vaccinale de différents protocoles réalisés à l'aide d'un autovaccin disponible sous 3 formes d'administration (injection intrapéritonéale, balnéation et voie orale) a été étudiée expérimentalement, après infection de truites avec A. salmonicida par balnéation. L'analyse statistique n'a montré une réelle efficacité vaccinale que chez les animaux vaccinés au moins une fois par injection intrapéritonéale, avec une protection efficace contre la mortalité induite par la maladie. Cette efficacité s'accompagne cependant provisoirement d'une croissance moindre des truites, ces animaux présentant de nombreuses adhérences intrapéritonéales. La durée de l'efficacité après vaccination par injection intrapéritonéale pourrait être précisée, afin de déterminer le moment optimal pour la réalisation d'un rappel vaccinal. De même, l'efficacité d'autres protocoles vaccinaux n'utilisant que la voie orale et/ou la balnéation pourrait être étudié afin de se dispenser de l'utilisation de l'injection intrapéritonéale, lourde de manipulations pour les éleveurs.
[-] Ce manuscrit porte sur la furonculose à Aeromonas salmonicida chez la truite arc-en-ciel, une maladie rencontrée notamment dans les élevages truiticoles français. Une première partie bibliographique vise à présenter l'importance de la vaccination contre les maladies rencontrées en élevage piscicole, plus particulièrement contre la furonculose en France, dans un contexte d'évolution de la durée de production des animaux et de changement ...
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L'expérience menée dans cette étude vise à comparer deux systèmes d'élevage de la crevette L.vannamei. Le système en eau recirculée (RAS) est basé sur un système de filtration avec une pompe et un circuit d'eau. Le système Biofloc repose lui sur un écosystème microbien qui recycle les déchets azotés directement dans le bac pour assurer la filtration de l'eau. Le système Biofloc est réputé pour être une alternative efficace au système en RAS en étant plus économe en eau et nourriture avec de meilleures performances de croissance. Les performances zootechniques des crevettes (croissance, survie) et les paramètres de la qualité de l'eau sont comparés entre les deux systèmes, avec la présence de trois triplicats. Trois bacs témoins de 220L sont en système RAS, six bacs sont en système Biofloc (3 de 220L et 3 de 600L). Un suivi microbiologique est également réalisé afin de caractériser la diversité bactérienne du système biofloc et rechercher la présence de bactéries du genre Vibrio, pathogènes de L.vannamei. Dans notre étude, les performances de croissance et les taux de survie sont similaires entre les deux systèmes. La qualité de l'eau, notamment le taux de nitrites, s'est avérée complexe à gérer, expliquant des performances de croissance inférieures aux attentes. Le volet microbiologique renforce la caractérisation du système biofloc avec la mise en évidence de certains probiotiques (genre Bacillus) et confirme que le suivi Vibrio par bactériologie est intéressant en élevage.
[-] L'expérience menée dans cette étude vise à comparer deux systèmes d'élevage de la crevette L.vannamei. Le système en eau recirculée (RAS) est basé sur un système de filtration avec une pompe et un circuit d'eau. Le système Biofloc repose lui sur un écosystème microbien qui recycle les déchets azotés directement dans le bac pour assurer la filtration de l'eau. Le système Biofloc est réputé pour être une alternative efficace au système en RAS en ...
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Macrobrachium rosenbergii est une crevette tropicale géante d'eau douce originaire d'Asie du Sud-Est. Le caractère territorial de ce crustacé décapode rend l'élevage intensif impossible. Son cycle de production en zone tempérée est discontinu, divisé en deux phases avec (i) le pré-grossissement hors-sol communément réalisé dans un système recirculé muni d'une pompe filtrante et d'un biofiltre, puis (ii) le grossissement en bassin extérieur. Le système biofloc est de plus en plus considéré comme une alternative au système recirculé lors de l'étape de pré-grossissement. Ce système est un écosystème fermé au sein duquel les divers déchets sont transformés par les communautés microbiennes en floculats consommable par les crevettes. L'hypothèse faite ici est une meilleure valorisation de l'aliment grâce au milieu biofloc, permettant d'éviter l'utilisation de farines de poisson dans l'aliment distribué aux crevettes. Les objectifs de l'étude sont d'étudier l'effet de la densité de crevettes (200, 100 et 50 animaux/m²) et de déterminer si le milieu biofloc permet de s'affranchir de la farine de poissons dans l'alimentation des animaux. De plus, la population bactérienne présente dans les bacs d'élevage en système biofloc est caractérisée par séquençage 16S (région V4-V5) au cours du temps. La première partie de cette thèse est une présentation de l'espèce Macrobrachium rosenbergii. La seconde correspond à la partie expérimentale portant sur la comparaison de croissance à différentes densités dans deux milieux différents et la caractérisation des communautés bactériennes.
[-] Macrobrachium rosenbergii est une crevette tropicale géante d'eau douce originaire d'Asie du Sud-Est. Le caractère territorial de ce crustacé décapode rend l'élevage intensif impossible. Son cycle de production en zone tempérée est discontinu, divisé en deux phases avec (i) le pré-grossissement hors-sol communément réalisé dans un système recirculé muni d'une pompe filtrante et d'un biofiltre, puis (ii) le grossissement en bassin extérieur. Le ...
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La lutte contre l'antibiorésistance fait partie des grands enjeux du 21ème siècle en termes de santé publique mondiale. De nombreux organismes internationaux se regroupent autour du concept de « One health » pour agir de manière coordonnée face aux résistances bactériennes. L'élevage, dont l'aquaculture, se retrouve donc au centre de cette lutte car très consommateur d'antibiotiques. Or la phytothérapie se présente comme un atout possible pour réduire notre consommation d'antibiotiques. En effet, de nombreux articles mettent en avant le pouvoir des plantes appliqué au modèle aquacole français. Les plantes possèdent des propriétés antibactériennes et immunostimulantes intéressantes en prophylaxie dans les élevages aquacoles pour lutter contre les bactérioses et donc réduire la consommation d'antibiotiques. Cependant, des études sont encore nécessaires pour réaliser des produits de phytothérapie standardisés et efficaces tout en assurant une sécurité pour les écosystèmes aquatiques ainsi que pour l'homme.
[-] La lutte contre l'antibiorésistance fait partie des grands enjeux du 21ème siècle en termes de santé publique mondiale. De nombreux organismes internationaux se regroupent autour du concept de « One health » pour agir de manière coordonnée face aux résistances bactériennes. L'élevage, dont l'aquaculture, se retrouve donc au centre de cette lutte car très consommateur d'antibiotiques. Or la phytothérapie se présente comme un atout possible pour ...
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L'antibiorésistance des bactéries environnementales est un sujet d'importance croissante, certaines résistances pouvant être transmises entre des bactéries environnementales et des bactéries pathogènes, pour l'homme ou les animaux. Dans du plan Eco-antibio 2, une étude a été réalisée pour évaluer l'antibiorésistance d'une bactérie environnementale, Escherichia coli, au sein de deux piscicultures bretonnes et dans les selles des pisciculteurs travaillant sur ces sites. Cette étude a permis de mettre en évidence de nombreuses souches d'Escherichia coli dans l'eau des piscicultures et les selles de pisciculteurs. Ces souches présentent en majorité au moins une résistance à l'un des antibiotiques testés. La résistance la plus fréquemment retrouvée est celle à l'oxytétracycline, suivie de la résistance à la colistine, dont la fréquence d'isolement est supérieure à ce qui avait été documenté pour E. coli dans la littérature. Une étude sur les gènes de résistances portés par les bactéries et pouvant être transmis aux bactéries pathogènes pourrait permettre d'évaluer le risque que ces bactéries représentent pour l'antibiorésistance de bactéries pathogènes, en médecine vétérinaire ou humaine.
[-] L'antibiorésistance des bactéries environnementales est un sujet d'importance croissante, certaines résistances pouvant être transmises entre des bactéries environnementales et des bactéries pathogènes, pour l'homme ou les animaux. Dans du plan Eco-antibio 2, une étude a été réalisée pour évaluer l'antibiorésistance d'une bactérie environnementale, Escherichia coli, au sein de deux piscicultures bretonnes et dans les selles des pisciculteurs ...
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En France, la surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes animales est assurée par le Résapath, pour lequel un réseau de laboratoires partenaires envoie leurs résultats d'antibiogrammes. Toutefois, de nombreux obstacles rendent difficiles l'analyse des données pour les filières aquacoles. Afin d'identifier ces obstacles nous avons commencé par analyser les données disponibles du Résapath à propos de ces filières. Pour mettre en évidence leurs spécificités, responsables de ces obstacles, nous avons réalisé un questionnaire semi-directif auprès des vétérinaires praticiens et des laboratoires travaillant avec les filières aquacoles. Ces analyses nous ont permis d'identifier différents problèmes parmi lesquels figurent un faible nombre de résultats d'antibiogrammes reçu par le Résapath, une disparité des commémoratifs et une grande variabilité des techniques d'antibiogrammes utilisées par les intervenants. Enfin, nous proposons différentes possibilités pour adapter le Résapath aux particularités de l'aquaculture française.
[-] En France, la surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes animales est assurée par le Résapath, pour lequel un réseau de laboratoires partenaires envoie leurs résultats d'antibiogrammes. Toutefois, de nombreux obstacles rendent difficiles l'analyse des données pour les filières aquacoles. Afin d'identifier ces obstacles nous avons commencé par analyser les données disponibles du Résapath à propos de ces ...
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The second edition of Anaesthetic and Sedative Techniques for Aquatic Animals provided the fisheries and aquaculture industry with vital information on the use of sedation and anaesthetics in the avoidance of stress and physical damage, which can easily be caused by crowding, capture, handling, transportation and release.
Now fully revised and expanded, the third edition has maintained its accessible format and incorporates much new emphasis on:
• Fish pain and welfare: a rapidly developing area of interest and debate
• Anaesthesia and legislation: with an international perspective
Personnel involved in the aquaculture industry including fish farmers, fish veterinarians, fisheries scientists and fish biologists along with small animal veterinarians, animal laboratory managers and government and regulatory personnel will find this book a valuable and practical resource.
[-] The second edition of Anaesthetic and Sedative Techniques for Aquatic Animals provided the fisheries and aquaculture industry with vital information on the use of sedation and anaesthetics in the avoidance of stress and physical damage, which can easily be caused by crowding, capture, handling, transportation and release.
Now fully revised and expanded, the third edition has maintained its accessible format and incorporates much new emphasis ...
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V
Une revue des principales maladies infectieuses, parasitaires, nutritionnelles et environnementales des espèces marines élevées en méditerranées a été réalisée. Il ressort que la vibriose, la pasteurellose, l'encéphalopathie et rétinopathie virale, l'entéromyxose à Myxidium leei, l'isopodose à Ceratothoa oestroides et les anomalies de développement ont des conséquences économiques catastrophiques. D'autres maladies moins fréquentes ou émergentes ont une incidence moins important ou qui n'est pas connue.
[-] Une revue des principales maladies infectieuses, parasitaires, nutritionnelles et environnementales des espèces marines élevées en méditerranées a été réalisée. Il ressort que la vibriose, la pasteurellose, l'encéphalopathie et rétinopathie virale, l'entéromyxose à Myxidium leei, l'isopodose à Ceratothoa oestroides et les anomalies de développement ont des conséquences économiques catastrophiques. D'autres maladies moins fréquentes ou émergentes ...
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