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Les pneumonies infectieuses chez le cheval peuvent être causées par des bactéries de l'appareil oropharyngé entrainant une toux, un jetage, une hyperthermie, une leucocytose neutrophilique avec ou sans virage à gauche ou une leucopénie par neutropénie et une modification des marqueurs inflammatoires. Une opacification alvéolaire est identifiée à la radiographie pulmonaire alors que l'échographie pulmonaire identifie des consolidations périphériques en région crâniale et moyenne, des queues de comètes coalescentes ou non et une effusion pleurale. Un lavage trachéal et une ponction pleurale sont recommandés pour la réalisation d'une bactériologie et d'une cytologie. Le traitement est antimicrobien et doit prévenir les complications systémiques. L'anesthésie générale est un facteur de risque pour le développement de pneumonie chez le cheval dont l'incidence varie entre 0,2% et 7%. La littérature rapporte des modifications échographiques et une inflammation modérée des voies respiratoires profondes à la bronchoscopie et à la cytologie du lavage broncho-alvéolaire associée à une augmentation des marqueurs inflammatoires. L'étude prospective menée au Chuv-Eq permet d'apporter de nouvelles connaissances sur les effets de l'anesthésie générale sur l'appareil respiratoire. Onze chevaux anesthésiés pour des chirurgies électives ont subi des examens cliniques, hématologiques, d'imageries (endoscopie, échographie, radiographie) et des prélèvements respiratoires avant l'anesthésie, au réveil et 24 heures après l'anesthésie. Au réveil, l'échographie pulmonaire identifie des queues comètes dans la région crâniale et moyenne du poumon déclive et discrètement moins dans la région crâniale du poumon non-déclive. Ces examens révèlent 24 heures après, une neutrophilie et une lymphopénie discrète, des modifications échographiques modérées avec des queues de comètes persistantes associées à des consolidations et des effusions pleurales, une augmentation du score de mucus trachéal et dans le lavage trachéal, une augmentation du pourcentage de neutrophiles, une diminution du pourcentage de macrophages et de lymphocytes et une discrète prévalence de bactéries pathogènes sans modification des paramètres cliniques ni des radiographies pulmonaires. La modification du comptage cellulaire et des bactéries du lavage trachéal ainsi que les modifications échographiques semblent être dues à l'anesthésie alors que la neutrophilie et la lymphopénie discrète peuvent aussi être des conséquences de la chirurgie. Il ne faut pas surestimer les changements des examens complémentaires en post-anesthésique immédiat dans un contexte clinique sans anomalie.
[-] Les pneumonies infectieuses chez le cheval peuvent être causées par des bactéries de l'appareil oropharyngé entrainant une toux, un jetage, une hyperthermie, une leucocytose neutrophilique avec ou sans virage à gauche ou une leucopénie par neutropénie et une modification des marqueurs inflammatoires. Une opacification alvéolaire est identifiée à la radiographie pulmonaire alors que l'échographie pulmonaire identifie des consolidations p...
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L'antibiorésistance à la colistine est une préoccupation mondiale depuis la découverte de gènes mobiles porteurs de cette résistance en 2015. En médecine humaine elle est utilisée en dernier recours contre des bactéries résistantes aux autres traitements, c'est pourquoi la médecine vétérinaire se doit de préserver son efficacité en maitrisant son utilisation. La première partie de cette étude se propose de résumer les données bibliographiques concernant l'utilisation de cet antibiotique, l'importance de son antibiorésistance et de ses caractéristiques, à la fois à l'échelle mondiale et française. La seconde partie de cette thèse, présente 5 études menées par l'équipe APPIFish sur des souches prélevées au sein de plusieurs élevages aquacoles du grand Ouest français. Une recherche de résistance à la colistine est menée sur l'ensemble des souches appartenant aux espèces Pseudomonas spp., Aeromonas spp. et E. coli essentiellement. Plusieurs caractéristiques des souches identifiées comme étant résistantes sont ensuite étudiées : niveau de résistance, autres résistances antibiotiques présentes, type de portage génétique. Ces données sont ensuite comparées à celles issues de la littérature. Ces études ont ainsi montré que malgré la diminution de la consommation en colistine dans le monde en milieu terrestre, des souches résistantes sont bien présentes en milieu aquacole. Le portage de ces résistances ne semble pas être lié aux gènes MCR mais à d'autre mécanismes encore non connus. Les données à ce sujet restent cependant peu nombreuses.
[-] L'antibiorésistance à la colistine est une préoccupation mondiale depuis la découverte de gènes mobiles porteurs de cette résistance en 2015. En médecine humaine elle est utilisée en dernier recours contre des bactéries résistantes aux autres traitements, c'est pourquoi la médecine vétérinaire se doit de préserver son efficacité en maitrisant son utilisation. La première partie de cette étude se propose de résumer les données bibliographiques ...
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Les bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins à l'engraissement sont des maladies ayant un impact économique majeur dans cette filière. Leur traitement repose sur l'utilisation d'antibiotiques car leur étiologie implique des virus et des bactéries qui agissent de manière séquentielle et synergique. La détermination étiologique précise de ces maladies est de plus en plus pratiquée, afin d'adapter au mieux les traitements utilisés, notamment dans le but de limiter le risque d'apparition d'antibiorésistance. L'objectif de ce travail de thèse était de produire des connaissances sur le diagnostic étiologique des BPI chez les jeunes bovins à l'engraissement en utilisant les données de prises de température rectale, de prélèvements sanguins, d'écouvillons nasaux profonds, d'échographies pulmonaires et de suivis cliniques à distance. Les données ont été récoltées au cours de l'hiver et du printemps 2023, ce qui représente 497 JB suivis de leur arrivée en élevage jusqu'à leur quatrième semaine d'engraissement. 67 animaux ont été considérés malades au moins un des jours d'examen. Nous avons étudié la relation entre les résultats PCR (à partir des écouvillons nasaux et visant 8 agents pathogènes respiratoires majeurs des bovins) de ces 67 animaux, les données échographiques, les valeurs de lactates et le suivi clinique à l'échelle des cases (unité épidémiologique). Nous avons ainsi montré l'intérêt de l'échographie pulmonaire dans le diagnostic étiologique des BPI chez les jeunes bovins en engraissement. En effet, nous avons montré un lien statistique entre le nombre moyen d'anomalies échographiques et la positivité à Mannheimia haemolytica. De la même façon nous avons montré un lien statistique entre la taille moyenne des anomalies échographiques et la positivité à Mycoplasma bovis. De façon plus générale, nous avons montré un lien statistique entre le nombre moyen d'anomalies échographiques et la positivité à au moins une des trois bactéries étudiées dans notre étude.
[-] Les bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins à l'engraissement sont des maladies ayant un impact économique majeur dans cette filière. Leur traitement repose sur l'utilisation d'antibiotiques car leur étiologie implique des virus et des bactéries qui agissent de manière séquentielle et synergique. La détermination étiologique précise de ces maladies est de plus en plus pratiquée, afin d'adapter au mieux les traitements utilisés, ...
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La cornée constitue la partie antérieure de la tunique fibreuse de l'oeil. Les ulcères cornéens correspondent à une perte plus ou moins profonde de substance cornéenne et sont une des atteintes cornéennes les plus fréquentes chez le chien. Les ulcères cornéens à collagénases sont une forme compliquée d'ulcères cornéens caractérisée par une dissolution rapide du stroma au cours d'un processus nommé kératomalacie. Ce dernier se développe lors d'un déséquilibre entre l'activité d'enzymes protéolytiques endogènes et/ou exogènes et celle de leurs inhibiteurs. Une infection bactérienne ou mycosique est souvent sous-jacente. Les bactéries impliquées varient selon les individus et les localisations géographiques. Ces ulcères peuvent très vite s'aggraver et se perforer. Par conséquent, ce sont des urgences thérapeutiques. Une prise en charge médicale peut d'abord être envisagée si la lésion n'est pas trop sévère. Dans ce cas, le traitement est intensif, il associe les voies topique et systémique, et ses piliers sont l'antibiothérapie et les molécules anticollagénases par voie topique. En raison du développement croissant de résistances bactériennes aux antibiotiques, l'antibiothérapie doit être guidée par une mise en culture et la réalisation d'un antibiogramme. Par ailleurs, le cross-linking du collagène cornéen semble être une technique d'avenir prometteuse pour améliorer le taux de succès du traitement médical. Néanmoins, si l'atteinte cornéenne est très profonde au moment de l'admission du chien ou si la lésion évolue défavorablement en dépit du traitement, une prise en charge chirurgicale est nécessaire via une greffe conjonctivale, de biomatériau ou de cornée et parfois une énucléation. L'identification des bactéries et de leurs éventuelles résistances aux antibiotiques est donc un enjeu majeur dans le succès du traitement médical. Cette étude rétrospective, réalisée sur 53 ulcères cornéens chez le chien, visait à identifier ces bactéries et d'éventuels facteurs de risque à l'échec du traitement médical. La plupart des ulcères de l'étude étaient associés à une infection bactérienne (32 cas sur 53). Aucune association n'a été trouvée entre la race du chien et la présence d'une infection. Staphyloccoccus sp., Streptococcus sp. et Pseudomonas sp. étaient les bactéries le plus fréquemment isolées et celles-ci présentaient des résistances variées aux antibiotiques. Le grade de sévérité des ulcères était plus élevé lors d'infection impliquant des souches différentes et le grade de sévérité des ulcères associés à P. aeruginosa semblait supérieur à celui des ulcères associés à des staphylocoques ou des streptocoques. La majorité des ulcères de l'étude a fait l'objet d'une prise en charge chirurgicale immédiate en raison de la sévérité des lésions à l‘admission (29 cas sur 53). Presque la moitié des ulcères pris en charge via un traitement médical a cicatrisé (11 cas sur 24). Deux facteurs étaient associés à un échec du traitement médical : une anesthésie générale récente et une seule bactérie isolée en culture. Bien qu'aucune association n'ait été mise en évidence entre la nature des composantes du traitement médical et son succès, il semble que l'administration de N-acétylcystéine et qu'un changement d'antibiothérapie topique avec ajout du chloramphénicol soient associées à de meilleurs résultats.
[-] La cornée constitue la partie antérieure de la tunique fibreuse de l'oeil. Les ulcères cornéens correspondent à une perte plus ou moins profonde de substance cornéenne et sont une des atteintes cornéennes les plus fréquentes chez le chien. Les ulcères cornéens à collagénases sont une forme compliquée d'ulcères cornéens caractérisée par une dissolution rapide du stroma au cours d'un processus nommé kératomalacie. Ce dernier se développe lors d'un ...
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En Polynésie française, le développement d'une filière piscicole basée sur l'élevage du Platax orbicularis est considérablement affecté par la survenue d'épisodes infectieux de ténacibaculose, lors de la mise en cage lagonaires des poissons. Des avancées scientifiques récentes, comme le séquençage du génome de Tenacibaculum maritimum, ouvrent la voie vers le développement d'outils diagnostiques et épidémiologiques pour une meilleure compréhension de la maladie. Cette thèse présente une étude des communautés bactériennes détectées sur le tégument des platax en condition d'infection naturelle, ainsi que le développement d'un outil quantitatif ciblant les quatre sérotypes connus de T. maritimum. Un essai vaccinal y est également décrit.
[-] En Polynésie française, le développement d'une filière piscicole basée sur l'élevage du Platax orbicularis est considérablement affecté par la survenue d'épisodes infectieux de ténacibaculose, lors de la mise en cage lagonaires des poissons. Des avancées scientifiques récentes, comme le séquençage du génome de Tenacibaculum maritimum, ouvrent la voie vers le développement d'outils diagnostiques et épidémiologiques pour une meilleure com...
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La diphtérie est une maladie respiratoire grave quasiment éradiquée dans les pays développés. Elle est causée par des corynébactéries du complexe diphtheriae capables de produire la toxine diphtérique, responsable des symptômes de la maladie. Corynebacterium ulcerans est un agent pathogène émergent qui se distingue de l'agent historique de la diphtérie C. diphtheriae par ses caractéristiques épidémiologiques : C. diphtheriae est un agent pathogène strictement humain dont le mécanisme d'infection a été très étudié tandis que C. ulcerans est un agent pathogène zoonotique dont l'épidémiologie n'est pas complètement élucidée, ce qui soulève de nouveaux enjeux sanitaires. C. ulcerans peut être transmis à l'Homme par les chiens et les chats, qui pourraient se contaminer auprès d'espèces de la faune sauvage jouant un rôle de réservoir. Le portage de C. ulcerans au sein de la faune sauvage est néanmoins mal connu. Ce travail de thèse propose une synthèse bibliographique sur l'état des connaissances actuelles sur la diphtérie et les bactéries du complexe diphtheriae, puis une étude expérimentale en collaboration avec le Centre National de Référence (CNR) des Corynébactéries du complexe diphtheriae ayant pour objet la recherche par culture bactériologique et analyse qPCR des corynébactéries du complexe diphtheriae au sein de la faune sauvage française. Cette étude expérimentale nous a permis d'adapter les protocoles du CNR dans les laboratoires du BioPôle et de l'UMR Bipar (situés sur le campus de l'Ecole nationale vétérinaire d'Alfort), ce qui a notamment nécessité de résoudre des difficultés techniques. L'analyse de 235 prélèvements réalisés sur des oiseaux et des petits mammifères de la faune sauvage française par 205 qPCR et 67 cultures bactériologiques n'a pas permis d'identifier de corynébactéries du complexe diphtheriae et de repérer un éventuel réservoir. Ce résultat souligne la difficulté à délimiter les contours et l'ampleur du rôle joué par les espèces de la faune sauvage dans l'émergence des cas humains dus à C. ulcerans observée depuis une vingtaine d'années.
[-] La diphtérie est une maladie respiratoire grave quasiment éradiquée dans les pays développés. Elle est causée par des corynébactéries du complexe diphtheriae capables de produire la toxine diphtérique, responsable des symptômes de la maladie. Corynebacterium ulcerans est un agent pathogène émergent qui se distingue de l'agent historique de la diphtérie C. diphtheriae par ses caractéristiques épidémiologiques : C. diphtheriae est un agent ...
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Chaque année, plus de 15 000 tonnes de fromage de Roquefort sont produites à partir de lait de brebis de race Lacaune. Le microbiote ruminal de ces animaux joue un rôle majeur dans la digestion, en particulier les bactéries qui le composent. Des techniques récentes ont permis d'explorer de manière plus précise sa composition, son fonctionnement, et son lien avec les productions animales. Cette thèse présente une étude in vivo sur les effets d'une sélection de deux lignées divergentes de brebis Lacaune, selon leur persistance laitière. Leur microbiote ruminal a été analysé, et ce sur trois lactations successives. Les analyses menées ont permis de mettre en évidence des proximités de microbiote au sein des lignées mais également pour un rang de lactation donné. Certains taxons bactériens ont également été identifiés comme discriminants de ces effets, ouvrant la voie à de nouvelles pistes de recherches pour en établir plus précisément les aboutissants. More than 15 000 tons of Roquefort cheese are made from Lacaune ewe's milk every year. Rumen microbiota of these animals, especially bacteria, plays a major role in digestion. Recent techniques allowed to explore more precisely its composition, its functioning, and its connection with animal performance indicator. This thesis presents an in vivo study of the effects of a selection of two divergent lineages of Lacaune ewes, according to their dairy persistency. Their rumen microbiota had been analysed during three consecutive lactation. The lead analysis highlights microbiota proximities within lineages, and also for a given rank of lactation. Some bacterial taxa have also been identified as discriminating for these effects, opening the path for new researches to understand the ins and outs.
[-] Chaque année, plus de 15 000 tonnes de fromage de Roquefort sont produites à partir de lait de brebis de race Lacaune. Le microbiote ruminal de ces animaux joue un rôle majeur dans la digestion, en particulier les bactéries qui le composent. Des techniques récentes ont permis d'explorer de manière plus précise sa composition, son fonctionnement, et son lien avec les productions animales. Cette thèse présente une étude in vivo sur les effets ...
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Les salmonelles représentent la première cause de toxi-infections alimentaires dans les pays développés. Il s'agit de bactéries ubiquitaires et zoonotiques le plus souvent à l'origine de troubles digestifs. D'évolution favorable, la salmonellose requiert cependant une antibiothérapie dans certains cas. L'Homme se contamine par voie orale, en consommant des produits contaminés. L'émergence et la dissémination de résistances aux antibiotiques représentent un risque pour la santé humaine. La mise au point de milieux de culture chromogènes permettant de détecter de telles souches de salmonelles résistantes aux antibiotiques dans des matrices alimentaires représente une avancée supplémentaire en terme de maîtrise du risque sanitaire des aliments.
[-] Les salmonelles représentent la première cause de toxi-infections alimentaires dans les pays développés. Il s'agit de bactéries ubiquitaires et zoonotiques le plus souvent à l'origine de troubles digestifs. D'évolution favorable, la salmonellose requiert cependant une antibiothérapie dans certains cas. L'Homme se contamine par voie orale, en consommant des produits contaminés. L'émergence et la dissémination de résistances aux antibiotiques ...
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Une enquête a été réalisée dans 58 élevages bovins laitiers bretons détectés infectés par Coxiella burnetii, agent de la fièvre Q, pour décrire les risques d'infection du troupeau. La présence des facteurs de risque connus dans la bibliographie ou élaborés à partir d'hypothèses biologiques a été évaluée dans ces élevages. Une méthode d'agrégation des facteurs de risque exprimant le niveau de risque global a été élaboré. Les élevages ont ensuite été classés selon cet indicateur. Pour certains facteurs décrits, les niveaux de risque sont élevés. En effet, les pratiques d'introduction d'animaux dans le troupeau laitier entraînent un risque élevé dans 38% des élevages. Le risque de diffusion de l'infection dans le troupeau par l'absence d'un isolement efficace des parturientes est important dans 93% des élevages, et près de 60% des élevages présentent un risque d'infection lié à la gestion des produits du vêlage. L'hygiène des élevages est aussi un facteur de risque supplémentaire puisque plus de 50% des élevages présentent un niveau de risque d'infection élevé dans ce domaine. L'étude met en évidence la non application fréquente des mesures préventives recommandées contre les maladies abortives en général, et le manque d'information des éleveurs sur les modes de transmission de Coxiella burnetii. Une meilleure connaissance des pratiques pourrait permettre à terme de maîtriser les risques d'infection.
[-] Une enquête a été réalisée dans 58 élevages bovins laitiers bretons détectés infectés par Coxiella burnetii, agent de la fièvre Q, pour décrire les risques d'infection du troupeau. La présence des facteurs de risque connus dans la bibliographie ou élaborés à partir d'hypothèses biologiques a été évaluée dans ces élevages. Une méthode d'agrégation des facteurs de risque exprimant le niveau de risque global a été élaboré. Les élevages ont ensuite ...
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